Pendirian Yayasan Bait al-Hikmah didasari oleh faktor, yaitu:

Pertama, perkembangan teknologi informasi telah mengubah dinamika di kalangan umat beragama di Indonesia khususnya, dan di dunia pada umumnya. Salah satu perubahan itu adalah semakin mudahnya memperoleh informasi berkaitan dengan pengetahuan agama. Kemudahan memperoleh informasi ini memang telah memberikan manfaat yang luar biasa, dan sangat praktis dalam memenuhi kebutuhan umat beragama akan pengetahuan agama. Tetapi di sisi lain, karena kualitas informasi yang berkembang itu sangat beragam, maka para pemegang informasi tersebut seringkali terjebak pada sikap saling menyalahkan bagi pihak-pihak yang memiliki informasi berbeda. Sehingga, ketegangan sesama umat beragama seringkali tidak bisa dihindari.

Kedua, tantangan yang dihadapi oleh umat beragama pada era sekarang telah berkembang demikian luas. Perkembangan teknologi dan pemikiran manusia, meskipun membawa dampak positif bagi umat beragama, juga membawa tantangan yang tidak kecil. Demikian juga percepatan perkembangan gerak manusia yang diakibatkan oleh percepatan teknologi transportasi, yang mengharuskan manusia dari berbagai latar belakang untuk berhubungan dalam berbagai urusan dan kepentingan yang dengan sendirinya meniscayakan penguasaan perangkat-perangkat pergaulan global.

Ketiga, adalah fakta yang tidak bisa dibantah bahwa sebagian masyarakat masih berada di bawah kondisi ekonomi yang memprihatinkan. Akibatnya, jangankan memenuhi kebutuhan-kebutuhan seperti pendidikan, sementara pemenuhan kebutuhan pokok seperti bahan pangan, sandang dan papan saja, seringkali masih menjadi persoalan mendasar yang sulit dipecahkan. Padahal di samping tiga jenis kebutuhan dasar ini, peningkatan daya saing umat Islam dan peningkatan kemampuan masyarakat untuk menghadapi tantangan global tidak mungkin dicapai jika tanpa pendidikan yang memadai.

Yayasan Bait al-Hikmah Malang didirikan sebagai upaya untuk turut serta menjadi bagian dari simpul umat yang berusaha memecahkan masalah-masalah yang dihadapi masyarakat secara global.